字惠父，南宋建陽縣童游里(今童游南山下)人。北宋時,他的高祖世卿從浙江建德縣來任建陽丞而家居建陽。父宋鞏曾任廣州節度推官，家境小康。宋慈從小受學于父，10歲時從學建陽縣學者、朱熹的高弟吳稚，并得到吳稚的同窗黃干、李方子等名人指教。他重視實踐，力求真知。南宋開禧元年(1205年),他進京入太學,深得太學博士真德秀的賞識,遂拜其為師。

嘉定十年(1217年)宋慈中乙科進士，授浙江鄞縣(今浙江寧波市)縣尉，遇父病未赴任。寶慶二年(1226年)始走上仕途，任江西省信豐縣主簿。安撫使鄭性之慕其有撥亂反治才，延入幕府參預軍事，多所贊助。任期屆滿，江西提點刑獄使葉宰聘宋慈為幕僚。宋慈協助鎮壓饑民暴動得以升任舍人。紹定四年(1231年)，得福建路招捕使陳推薦，宋慈得任長汀縣令。縣境百姓苦于鹽價高昂，從海口溯閩江，鹽運至長汀，要隔年才能運到。他蒞任之初，改從潮洲沿韓江、汀江而至長汀，往返僅3月，大大節省運費。官府將鹽廉價出售，百姓無不謳歌載道。端平三年(1236年)，同知樞密使魏了翁聘宋慈為幕僚。理宗嘉熙元年(1237年)，他任職邵武軍(今屬福建)，僅及周年，民有余念。次年，浙西饑荒，宋慈奉詔入境，嘆曰:“強宗巨室，始去籍以避賦，終閉糶以邀利，吾當其謀爾。”于是實行“濟糶法”，將人戶分為五等;最富有者出存糧半濟半糶;較富有者只糶而不濟助;中等不濟也不糶;次貧者半濟助;赤貧者全濟，濟米由官府撥付，停征一半租稅。富戶不敢違命，貧者得以度過荒年。

宋慈廉政愛民，執法嚴明，尤其是“于獄案，審之又審，不敢萌一毫慢易心”。嘉熙三年(1239年)升任司農丞知贛州。次年，提點廣東刑獄，發現所屬官員多不履行職責，有拘押數年的案犯，都未理清曲直。于是制訂辦案規約，責令所屬官員限期執行，僅8個月，就處理了200多個案犯。移任江西提點刑獄，為贛民作主，嚴辦違法的鹽販。淳佑五年(1245年)。轉任常州知州，議重修《毗陵志》，開始編輯洗冤錄資料。任滿，轉任廣西提點刑獄，巡行各部，雪冤禁暴，雖偏僻惡溺處所，亦必親往視察。淳佑七年(1247年)，任直秘閣、湖南提點刑獄使。是年冬，撰成《洗冤集錄》

淳佑八年(1248年)，任寶謨閣直學士，奉命巡回四路，掌管刑獄。聽訟清明，決事果斷。翌年，升任煥章閣直學士、廣州知州與廣東經略安撫使。他忽患頭暈病，仍然參加祭孔典禮。從此委頓不起。同年三月初七逝世于廣州官寓，享年64歲。于次年七月十五日，歸葬建陽縣崇雒里(今崇雒鄉)建陽宋氏祖居地昌茂村。

宋理宗賜贈朝議大夫，譽他為“中外分憂之臣”，親自手書墓碑“慈字惠父，宋公之墓”。