少名丙，字伯和，又字和甫，晚年自號“樟隱老人”。祖籍婺源(今屬江西)，曾祖祝確為朱熹的外祖父，父康國是朱熹表弟，跟隨熹母祝氏居崇安。祝穆少年喪父，讀書于朱熹家塾。20歲，朱熹命黃干為他舉行冠禮。乾道初，祝穆與其弟一起隨朱熹到建陽云谷晦庵就讀，受黃干、蔡元定教誨。他嗜書，手不釋卷，于書無所不讀。青年時，往來于吳、越、荊、楚之間，所到必登高探幽，臨水攬勝，遍訪民情風俗，這為他晚年著述積累豐富資料和感性知識。

晚年卜居建陽縣麻沙水南，名其廬“南溪樟隱”，集朱熹生前手跡，匾于廳堂楣額。在右小屋取朱熹生前所書“歲寒”二大字，以表古樟之雅。與隱廬相對，又筑小樓四楹，取張南軒所書“藏書樓”三大字，揭匾樓上。在這優美舒適的環境，開始他晚年的著作生涯。凡經、史、子、集，稗官野史，金石刻，列郡志，“有可采摭，輒抄錄”。祝穆善于寫文章，“下筆頃刻數百言”。在麻沙水南隱居期間，撰成兩部文獻性巨著，一是類書《事文類聚》170卷;一是綜合性地理志《方輿勝覽》70卷。

他不僅自編書籍，而且自家刻書發行。南宋嘉熙二年(1238年)有市儈之徒將祝穆《方輿勝覽》自刻本改名《節略輿地紀勝》翻刻。祝穆上訴保護版權，官府下令“追人、毀板”。這時祝穆經過幾年編纂，雕版費用，據稱“浩瀚”。他不僅是刻書家也是藏書家。其家境不算富裕，卻仍節省開支，購聚書籍，建筑小書樓以為藏書之處。

祝穆于理宗寶佑四年(1256年)十一月撰成《南溪樟隱記》這篇膾炙人口的散文。當年逝世，謚“文修”。