干字直卿，號勉齋，長樂縣人，黃瑀之第四子。南宋淳熙三年(1176年)春，得朱熹門人劉清之推薦，到崇安五夫受業于朱熹。他刻苦讀書，深得朱熹的贊賞。淳熙九年，朱熹將次女朱兌許配給他為妻。

慶元初，已過不惑之年的黃干始出仕，監臺州酒務。不久，因母病逝，辭歸守孝，從學于他的人很多。朱熹這時寫信給他說:待竹林精舍建成，“便可請直卿掛牌秉拂也”，把他當作自己事業的繼承人。

為了養家活口，黃干不得不“仰祿于州縣”。朱熹臨終，寫信囑咐他編《喪禮》、《祭禮》。黃干持心喪(弟子之喪)三年，又得監嘉興府石門(今屬浙江)酒庫。

寧宗嘉定九年(1216年)夏四月，黃干舉家居考亭。當年閏七月，于建陽城內建草堂，名環峰，以繼志傳道為己任，聚徒講學，身體力行，聲名遠播，“巴蜀江湖之士皆來受學”。嘉定十四年正月，他寫成《晦庵朱先生行狀》，為保留朱熹生平事跡提供了最可靠的依據。他遣長子黃輅到黃坑朱熹墓代他辭恩師，并命長子輅、三子腹留居環峰承父業，自己歸老福州，當年三月病逝，終年70歲。有《黃勉齋文集》傳世。他所作《代祭林黃中侍郎文》，對彈劾過朱熹的林栗，能不計舊仇，給予客觀恰當的評價。因此，其道德事功深為世人贊許。清雍正二年(1724年)，詔從祀于孔廟。