字安老，建陽人。北宋宣和三年(1121年)，太學(xué)上舍釋褐出身。南宋建炎元年(1127年)高宗即位后，任右正言，因直言議論政事得罪，貶為明州(今寧波)通判。建炎四年七月，金朝冊立劉豫為“齊帝”，與南宋對峙。紹興初呂祉升任建康(今南京)知府，與吳若。陳充等合著《東南防守利便》—書呈上，認(rèn)為:“立國于東南者，宜聯(lián)絡(luò)淮甸、荊襄之勢。臨安僻在海隅，當(dāng)移蹕江上，然后可以系東南離散之心。”紹興四年(1134年)，劉豫誘金兵攻襲淮南，江東戒嚴(yán)。這時(shí)韓世忠部駐江蘇高郵，首當(dāng)其沖。呂祉上書朝廷，要求派兵援助韓世忠部。接著韓世忠率部退保鎮(zhèn)江，呂祉再上書朝廷:“置江北于度外，恐失中原民心”，要求皇上親率大軍救援。于是高宗率軍親征，車駕至平江，金兵與齊軍潰。呂祉升任吏部侍郎。

紹興五年劉豫調(diào)鄉(xiāng)兵大舉攻宋，朝臣紛紛主張退保臨安。呂祉據(jù)理力爭，說:“士氣當(dāng)振不可避退以示弱。”紹興七年呂祉升任兵部尚書，參議軍事。這時(shí)因劉光世驕惰不能戰(zhàn)，他貓奏朝廷罷劉光世統(tǒng)兵職務(wù)，朝廷命王德為屯駐大軍統(tǒng)制，酈瓊為副使。但王德與酈瓊不和，兩人到都督府與御史臺互相指控，朝廷命呂祉前往廬州(今屬安徽)處理交訟事。呂祉至廬州上書密奏朝廷解除酈瓊兵權(quán)。軍中書吏泄漏機(jī)密，酈瓊派人于郵驛中截獲奏書，因此懷恨在心。適逢朝中要調(diào)酈瓊赴京城臨安(杭州)，更引起酈瓊疑懼，于是挾制4萬軍隊(duì)挾持呂祉投奔劉豫，行至離淮河30里的三塔，呂祉下馬憤怒地說:“劉豫叛臣，我豈可見之?”，酈瓊命士兵逼他上馬，呂祉痛罵:“死則死于此。”“劉豫，叛臣也。爾軍中豈無英雄，乃隨瓊?cè)ズ?”酈瓊害怕動搖軍心，就殺害呂祉。呂祉妻吳氏聞噩耗，以帛自縊死。宋高宗贈呂祉為資政殿大學(xué)士，特敕葬邵武樵嵐。