嘉熙元年（公元1237年），宋慈被任命為邵武軍（今邵武市）通判。宋慈到任不久，知軍王埜離任，由宋慈代理。作為當地的父母官，宋慈為百姓做了一件大善事。

在宋代，農村有個奇怪的風俗，叫"不舉子"，即生了孩子不養育，把嬰溺死或扔掉。最初，這個風俗還有些迷信色彩．說五月初五生的兒子不祥，不吉利，所以"不舉子"．這個"子"指的是男孩子。可是后來這個"子"竟演變成了包括男孩、女孩都在內的所有剛剛出生的嬰兒，而且也不單指五月初五了。

在當時，福建"不舉子"的風氣盛行。由于地少人多，經濟貧窮，許多家庭都把多生子女看作是沉重的負擔。一些州郡以三男二女為限，超過此數即不養育，生下即在準備好的水盆中溺死。因良心上怕受到譴責，就起一個好聽的名稱，叫"洗兒"。邵武地區的"不舉子"風氣更是嚴重，不僅窮人家只要一個獨子，就連富人家也不過二男一女。

雖然宋代朝廷明令禁止溺嬰、棄嬰、殺子，甚至對墮胎的人也予以三年徒刑的處罰，但是仍屢禁不止。對于"不舉子"風俗的危害性，宋慈有深刻的認識。他認為：這會產生一系列的社會問題，嚴重危害施政與教化。如違背人倫道德，惡化社會風氣；造成人口比例失衡，影響正常婚配和倫理秩序；引發拐賣人口等社會治安問題。

針對邵武境內存在的嚴重溺嬰現象，宋慈仿效朱熹的父親朱松，撰寫和發布了《戒殺子文》的文告，并聯合當地年老而有地位的士紳，一同勸解和呼吁當地民眾珍愛小生命。在短短幾個月的時間里，當地溺嬰現象就得到有效遏制。

同時，宋慈針對窮人家因無力養育子女，多有棄嬰的現象，仿效恩師真德秀此前在建康府（今江蘇南京）創辦"慈幼莊"的做法，也在邵武設立了"慈幼莊"。他的具體做法是：由官府拿出一些被沒收充公的田地，召人租佃，立為一莊。利用所得的田租收入，收養棄嬰。將棄嬰寄養在乳母家中，按月支付費用，一直養到七歲。如果乳母有意將棄嬰收養，或者找到了愿意收養棄嬰的人家，聽從其便，仍由"慈幼莊"支付養育費用。對于抱養一歲以下幼童的人家，補助二兩銀子。如被抱養的孩子患病，由"慈幼莊"承擔醫藥費。如被抱養的孩子死亡，給抱養人家適當的補償。在豐收之年，因被遺棄的嬰兒稀少，"慈幼莊"收支有余，儲蓄下來，作為荒年救濟基金。

雖然宋慈只在邵武任職一年多，但后來的《邵武府志》卻在《官志》中為他留下了精彩的一筆："通判邵武軍，攝郡，有遺愛。"其中，"遺愛"是指留于后世而被人追懷的德行、恩惠、貢獻等等。可見，該評價很高。