云谷書院，在崇泰里廬峰之巔，宋乾道六年，朱熹愛其山水幽邃，名曰云谷，構草堂于中，榜曰：晦庵。記見《藝文志》，元季傾圮，國朝成化十七年僉事談俊捐俸令熹九世孫格重建。

——明嘉靖《建陽縣志·卷六》

蘆峰山，在建陽縣西北七十里，接崇安縣界，與西山對峙，山高萬仞，四圍峭削，絶頂平坦，宋乾道中朱子更名曰“云谷”，筑草堂讀書其下。

——《四庫全書·大清一統志·卷三百三十一》

云谷草堂是朱子在建陽創辦的第二所書院，也稱“晦庵草堂”，后世也稱“云谷書院”，在崇泰里（今莒口鎮東山村）。

朱子在寒泉著述期間，與朋友門人一同游山玩水。寒泉林的北面，群峰連綿，最高峰為廬峰（也稱廬山、蘆峰）。朱子與朋友門人登游廬峰，在山中，尋到一處腹地平曠、內寬外狹的山谷，朱子有意修建草堂，“乾道庚寅，予始得之，因作草堂其間，榜曰晦庵”。乾道六年（1170）開始，朱子的門人蔡元定用五年左右的時間為先生打造基礎設施，建造草堂，朱子說，“獨友人蔡季通，家山北二十余里，得數往來其間。自始營葺，迄今有成，皆其力也”。淳熙二年（1175），三間草堂落成，朱子寫榜題匾“晦庵”二字。因山中云霧多，朱子作《云谷記》，此后廬峰又稱云谷。

云谷期間，朱子與朋友登山講道，有《講道》詩：“高居遠塵雜，崇論探杳冥。亹亹玄遠駛，林林群動爭。天道固如此，吾生得安寧。”可考的同游者有方士繇（字伯休）、廖德明（字子晦）、劉堯夫（字淳叟）、劉子翔（字彥集）、蔡元定（字季通）、江默（字德功）、呂祖謙（字伯恭）、潘景愈（字叔昌）、魏掞之（字元履）、吳楫（字公濟）、丘膺（字子服）以及朱子的兒子朱塾、朱埜等人。《講道》詩可以一窺朱子與朋友、學生討論學術，激烈爭辯、追求理學真諦的情景。

從淳熙二年（1175）到淳熙五年（1178）底朱子赴南康任知軍前，朱子有三年的時間是以云谷山為著述主陣地的。束景南先生稱此時期為“云谷著述時期”：“從淳熙二年到淳熙五年的艱辛探索著述，是朱熹由《四書集解》經學思想體系向《四書集注》經學思想體系的過渡時期，這個時期也許可以稱為云谷著述時期。”

朱子在《云谷記》中表達了他希望終老此地的想法，“十年之外，嫁娶亦當粗畢，即斷家事，滅景此山”。但由于山高天寒，朱子并沒有長期居住，加上晚年他足疾、心疾十分嚴重，再也未能登上云谷山。除了《云谷記》，朱子還為云谷題詠《云谷二十六詠》《云谷雜詩十二首》，加上一時興起的詩作，及與朋友、門人等共游云谷山互相唱和的詩歌，如：《游蘆峰分韻得盡字》《同丘子服游蘆峰分韻得白字》《登蘆峰》《將游云谷約同行者》《早發潭溪夜登云谷》《云谷合記事自效俳體戲作三首詩寄季通》《云谷懷魏元履》《子晦純叟伯休季通德功登云谷分韻得冷字》《云谷次吳公濟韻》等詩，朱子在云谷的吟詠數量遠超他處。

朱子去世后，云谷草堂隨即荒廢，與熊禾同時代的詹無咎來到云谷草堂，面對荒草堆中的晦庵，詹無咎題詩一首：“晦庵峙柱幾何年，遺構猶存詎偶然。似欲奎文倬云漢，故將梵宇付灰煙。披荒覽勝須諸老，懷遠窮幽付后賢。莫為雨行違夙志，要凌倒景看晴天。”詩中的“遺構猶存”已見草堂的殘垣斷壁。元代大德九年（1305），建寧府通判毋逢辰重修考亭書院，同時，修復云谷草堂；建陽縣主簿汪蒙在云谷山麓建造山門以標識。“考亭西北偏有山曰云谷，晦庵在焉，侯亦為之起廢，汪君于山之麓為門以識之”。（熊禾《考亭書院記》）比熊禾稍遲的元代詩人杜本到云谷草堂，有詩：“晦庵筑室此山巔，梁棟親題乾道年。苔蘚斕斑封斷石，杉松郁密護流泉。精神已與天相遇，文字猶如世所傳。?疏往來嘉遁吉，至今遺像尚依然。”杜本到云谷山，仍然可以拜謁朱子遺像。到了元朝后期，云谷草堂圯毀。明朝成化年間，福建提刑按察司僉事談俊捐俸并令朱子九世孫朱格重建云谷書院。此后，未見修復云谷書院的記錄。