熊秘，乾符間，官至右散騎常侍、兵部尚書。因黃巢亂，自南昌避地入閩，至義寧，愛其山水，遂卜居焉，名曰熊屯，鰲峰書院其所建也。

——道光《建陽縣志·卷十三》

鰲峰書院，即熊勿軒先生祠。在崇泰里樟?，書院故唐熊尚書秘所建，為子孫肄業之所。宋勿軒先生禾改其門對云谷，以寓仰止之意。明成化庚辰，副使何公喬新重建以祀勿軒先生。萬歷丁酉，都御史金學曾重修。

——清《道光縣志·卷三》

鰲峰書院在莒口樟?（又稱熊屯、熊墩），始建于唐末乾符年間（874-879），是唐尚書熊秘為家族子孫學習而創建的家塾，是閩北的第一座書院。

宋朝初年，熊氏后裔熊知至，自號鰲峰先生，撰有《鰲峰隱人集》。熊知至改家塾名為鰲峰書院。

宋亡后，熊秘后裔熊禾主持書院并重修，增建傳衷堂、道源堂、熊氏忠孝節義祠。熊禾對朱子推崇備至，他在《考亭書院記》中寫道：“周東遷而夫子出，宋南渡而文公生。” 他稱朱子為“百世之師……公之文，如日麗天；公之神，如水行地”。重修鰲峰書院時，熊禾將門改對云谷，以示景仰朱子，承接朱子道學之傳，并將書院名改為“云谷書院”。熊禾擔心“道學之不明，由祀典之不明也”，于是“黜邵、馬而定五賢之祠，別配享而正孔廟之儀”。熊和在鰲峰書院通過明確祭祀的對象，來達到明道統、明祀典的目的。祭祀孔子，以顏子、曾子、子思子、孟子配祀；其次，將“邵”“馬”，即邵雍、司馬光移出祭祀體系，只祭祀“宋五賢”——周濂溪（敦頤）、程明道（顥）、程伊川（頤）、張橫渠（載）、朱晦庵（熹）。在《三山郡泮五賢祠記》中，熊禾自敘：“仆于云谷之陽，鰲峰之下創小精黌，中為夫子燕居，配以顏曾思孟，次以周、程、張、朱——濓溪、明道、伊川、橫渠、晦庵五先生，隆道統也。”

熊禾將整套的學院禮儀引入云谷書院，書院開學時，熊禾舉行“舍菜禮”， “舍菜”也叫“釋菜”，是古代的祭禮之一，書院在開學或春秋兩季祭祀孔子時，即為“釋菜”禮。禮成后，士人李德成寫下《鰲峰書院舍菜禮成》：

鰲峰峰前子熊子，舉目乾坤淚如雨。

百年學絕白日飛，要作山中古鄉遂。

相看云谷青不了，手濯流泉挹清泚。

……

大德九年（1305）的元日，來參加釋菜禮的學者達55人，熊禾的《乙巳元日鰲峰書院會拜五十五人》一詩生動描繪了這一盛況：

曉日瞳瞳一歲初，鄉閭盛會說吾廬。

運當堯歷三千六，數協羲圖五十余。

修竹歲寒欣得友，野花春色且攜書。

大篇聽取艱貞訓，萬古天心定不虛。

鰲峰書院因熊禾講學著述而聞名，熊禾去世后，后人就在書院建祠奉祀他，故又稱熊勿軒先生祠。

明永樂十八年（1420），書院被權勢侵占。正統十一年（1446），熊氏后人熊椽申訴上司憲副高公、僉事董公，書院得以收回修復。

明成化十年（1474），知縣項旻在書院外建兩座牌坊，左邊“道學”坊，右邊“忠孝”坊。在此前后，分巡僉事彭誠下文讓通判周鳳修復書院；副使何喬新重建。萬歷二十五年（1597），都御史金學曾重修。鰲峰書院毀于民國后期，留下五大圓門與殘垣斷壁，1976年遺址改為田地。現已小規模重建。