即使是朱熹晚年創建的精舍，規模雖有擴大，也還是比較簡陋。紹熙三年（1192），朱熹定居考亭，“見謀于屋后園中作精舍，規模甚廣”；創建了規模更大的竹林精舍（后更名滄洲精舍），在《答蔡季通書》中說道：“書堂高敞，遠勝云谷、武夷，亦多容得人，他時盡可相聚也。”滄洲精舍有堂有室，其結構據熊禾《重修考亭書院記》描述為“前堂后室，制甚樸實”。盡管竹林精舍“制甚樸實”，由于朱子理學的影響力不斷擴大，全國各地莘莘學子不遠萬里前來求學，可考的門人弟子就有219人、分別來自江西、浙江、安徽、江蘇、湖南、湖北、廣東、四川及本省各地，其中本省各地門人達66人。

朱熹晚年除在這里講學論道外，仍筆耕不輟，自紹熙三年（1192）五月至慶元六年（1200）三月逝世前，著有《孟子要略》、《周易參同契考異》1卷、《韓文考異》10卷、《書集傳》6卷、《楚辭集注》8卷、《楚辭辨證》2卷、《楚辭后語》6卷、《儀禮經傳通解》37卷等。

書院還有一項重要功能就是藏書、刻書，朱熹就專門在崇化里書坊設同文書院，進行刻書、藏書。“同文書院在建陽縣崇化里，今書坊。宋乾道間，朱熹建以貯圖書，后遭兵燹。”朱熹在這里整理刊刻“北宋四子”（周敦頤、張載、程顥、程頤）理學著作，出版自己的最新論著，同時由于辦學需要，也刻印一些教學用書。由于朱熹一生“在外九考，立朝四十六天”,大部分時間奉祠在家，微薄的祠祿常使他捉襟見肘，“簞瓢屢空，晏如也，諸生遠而至者，豆飯藜羹率與共，往往貸于人以給用。”在這種情形下，也不時刻印一些書籍，賺取一點“文字錢”以自助。

在朱熹的身體力行下，建陽這片土地終于迎來了文化歷史上最為璀璨多彩的時刻。早年的朱熹與蔡元定，一人在云谷，一人在西山，每有疑間，便點燈為號，以便次日兩人見面互為探究。蔡元定曾鼎力協助朱熹完善了大量理學學說。而作為衣缽傳人的黃除，晚年告老還鄉后，也曾在建陽先后創建了環峰書院和潭溪精舍兩所書院，并讓長子黃輅和三子黃複打理書院。此外、如劉爚、熊禾、游九言、葉味道等都在建陽傳道興學：劉爚在馬伏創建了云莊書院，葉味道在后山創建了溪山書院，熊禾在樟埠修建了熊屯鰲峰書院，游九言在長坪修葺了鷹山書院。他們在退隱之時都選擇在家鄉的書院講學論道，著書立說，教化鄉里。

寶慶元年（1225），建陽縣令劉克莊建祠紀念，淳祐四年（1244），宋理宗為表彰理學，御書“考亭書院”匾額，將滄洲精舍易名為考亭書院。此后，元明清三朝，朱子理學得以進一步推崇。朱熹的《四書集注》被詔定為科場取士的標準，朱子也“配祀孔廟”。

考亭書院是宋代四大書院之一，雖然規模遠不及白鹿洞、岳麓、睢陽、嵩陽書院，但以它在中國教育史上的影響而論，考亭書院足以與中國歷史上任何一座書院相提并論。

因為南宋創立起來的良好文脈，得以綿長澤及鄉里。自南宋以來，建陽書院代未斷絕，直至清末的光緒年間，依然有書院建立。

自南宋之后建陽的書院刻書，其經費來源主要依托當地政府所撥給的學田，用學田所產支付官帑。歷史上建陽的書院所擁學田不等，即收入差異較大。因此，同時代各書院之間，不同時代的書院，在刻書的量上就存在較大差異。如朱熹一手所創辦的同文書院，它實際的功能在刻書，具有專事刻書的職能。

由于朱熹在理學的創立和宣揚的極大成就，南宋理學得到統治階級肯定和褒揚，建陽各地朱熹及其門人弟子創建的書院都獲得朝廷賜匾，元、明、清各代，建陽的各書院又進一步得到改建擴建，由朝廷派山長管理，增置學田，“備來學廩給”和祭祀之用。書院的功能也由原來的講學論道轉為祭祀理學先賢，如考亭書院。中建集成殿，以蔡（元定）、黃（榦）、劉（爚）、真（德秀）四人配。旁為兩廡為竹林、滄洲兩精舍，前為二門，門外之右為道源堂，其左為報德祠，祀歷代之有功于祠者。前為碑亭二，又前為大門，為石坊，坊左右為“泰山喬岳”“景星慶云”二坊，店之后為獻靖公祠，上有樓，祀文公遠祖茶院公，其最上一層曰“十賢樓”，祀濂溪（周敦頤）、明道（程顥）、伊川（程頤）、康節（邵雍）、橫渠（張載）、涑水（司馬光）、龜山（楊時）、山（游酢）、豫章（羅從彥）、延平（李侗）十先生。

獲宋理宗皇帝賜匾的書院還有：廬峰書院（即西山先生祠），在崇泰里后山，祀西山先生，以子淵、沈，孫模、杭配；宋乾道間，蔡沈構精舍于廬峰之下，寶祐間，理宗御書“廬峰書院”四字，環峰書院（即黃勉齋先生祠），在童游妙高峰下，宋嘉熙元年，御書“環峰書院”匾額；云莊書院（即劉文簡公祠），在崇泰里馬伏；溪山書院（即葉文修公祠），在崇泰里后山，宋儒葉文修公味道講學之所，原為精舍，宋理宗改建書院。