但是十三經(jīng)的文本，很少是孔子所定的文本，不少漢人所認(rèn)為傳的都是戰(zhàn)國或漢初人的著作，就是五經(jīng)的文本，在秦始皇焚書時散失無存，是漢初學(xué)者憑自己記憶編寫出來的，而今所傳的文本，又有許多經(jīng)過后人改編而成，所以，經(jīng)書的來源雖然遠(yuǎn)古，但它遠(yuǎn)不是原來的面目了。

為了匡正書義，朱子繼承周敦頤、二程、張載、游酢、李侗等人思想，把《論語》《孟子》連同從《禮記》中分出來的《中庸》《大學(xué)》兩篇，加以注釋，號為四書。宋理宗以后，朝廷明令，以朱子解釋為標(biāo)準(zhǔn)，此后，朱子《四書集注》成為讀書人必讀之書，元、明、清的人先讀四書，后讀五經(jīng)，五經(jīng)可以專習(xí)其中一種，四書則必須統(tǒng)統(tǒng)學(xué)習(xí)。

朱子以儒家政治倫理哲學(xué)為中心，吸取佛、道哲學(xué)思辯成果，健全完善理本體論，闡發(fā)義理之奧，建立一個精致、富于理性思辨的理學(xué)體系，把理作為最高的哲學(xué)范疇。認(rèn)為萬物皆有理。認(rèn)為理寓于事物之中，主張理未嘗離乎氣，有理而無氣，則理無所立。在總理和萬理的關(guān)系上，朱子提出理一分殊的命題，理一和分殊之間存在著互相聯(lián)系和依賴關(guān)系。

朱子提倡格物致知，強(qiáng)調(diào)知先行后；格物致知是窮天理，明人倫，講圣言，通事故。天理即仁、義、禮、智、信，道德、人倫、圣言、事故是天理的闡發(fā)應(yīng)用。而窮理的方法則是學(xué)、問、思、辨等形式，是一個由淺入深的過程，學(xué)與問是聞見功夫，通過讀書論學(xué)，評論古今人物，應(yīng)事接物等途徑去認(rèn)識物理。其次，思辨工夫，朱子主張沉思，潛思，反復(fù)推究，觸類旁通，分析類推，達(dá)到內(nèi)心豁然貫通，窮盡天下之理的目的。在道德修養(yǎng)上，朱子提出存天理、滅人欲的主張，天理是仁、義、禮、智、信，而人欲是受物欲迷惑而產(chǎn)生的私欲；和人的正常欲望不同，反對過欲縱欲。朱子建立一個博大精深的哲學(xué)體系，朱子的學(xué)說，致廣大、盡精微，綜羅百代，集諸儒之大成者。

朱子學(xué)說歷經(jīng)元、明、清三代，各個王朝將其定為指導(dǎo)思想，從元朝開始，朱子的《四書集注》被指定為科舉考試依據(jù)。他的言論幾乎成為判斷是非善惡的標(biāo)準(zhǔn)，因此，朱子后八百年儒家思想，實際上就是朱子的理學(xué)思想，稱為新儒學(xué)。

朱子思想對后世影響很大，朱子去世后，其弟子門生，又不斷完善其理學(xué)學(xué)說，如黃榦、蔡沈、李燔、陳淳、真德秀、劉爚、輔廣、熊禾等人，將朱子學(xué)說推廣，普及遍及天下，至元、明、清三代，朱子思想不斷發(fā)揚光大，名家輩出，占據(jù)主流思想。

上世紀(jì)，朱子思想一度消沉。如今，隨著人們對朱子思想重新審視，朱子思想重放光芒，其內(nèi)在精華與文化思想教育引導(dǎo)價值，逐漸引起重視，而朱子思想也跨越國門，在世界各地蔓延開來，成為世界各地研究中華燦爛文明的主要一部分。