即使是朱熹晚年創(chuàng)建的精舍，規(guī)模雖有擴(kuò)大，也還是比較簡(jiǎn)陋。紹熙三年（1192），朱熹定居考亭，“見(jiàn)謀于屋后園中作精舍，規(guī)模甚廣”；創(chuàng)建了規(guī)模更大的竹林精舍（后更名滄洲精舍），在《答蔡季通書(shū)》中說(shuō)道：“書(shū)堂高敞，遠(yuǎn)勝云谷、武夷，亦多容得人，他時(shí)盡可相聚也。”滄洲精舍有堂有室，其結(jié)構(gòu)據(jù)熊禾《重修考亭書(shū)院記》描述為“前堂后室，制甚樸實(shí)”。盡管竹林精舍“制甚樸實(shí)”，由于朱子理學(xué)的影響力不斷擴(kuò)大，全國(guó)各地莘莘學(xué)子不遠(yuǎn)萬(wàn)里前來(lái)求學(xué)，可考的門(mén)人弟子就有219人、分別來(lái)自江西、浙江、安徽、江蘇、湖南、湖北、廣東、四川及本省各地，其中本省各地門(mén)人達(dá)66人。

朱熹晚年除在這里講學(xué)論道外，仍筆耕不輟，自紹熙三年（1192）五月至慶元六年（1200）三月逝世前，著有《孟子要略》、《周易參同契考異》1卷、《韓文考異》10卷、《書(shū)集傳》6卷、《楚辭集注》8卷、《楚辭辨證》2卷、《楚辭后語(yǔ)》6卷、《儀禮經(jīng)傳通解》37卷等。

書(shū)院還有一項(xiàng)重要功能就是藏書(shū)、刻書(shū)，朱熹就專(zhuān)門(mén)在崇化里書(shū)坊設(shè)同文書(shū)院，進(jìn)行刻書(shū)、藏書(shū)。“同文書(shū)院在建陽(yáng)縣崇化里，今書(shū)坊。宋乾道間，朱熹建以貯圖書(shū)，后遭兵燹。”朱熹在這里整理刊刻“北宋四子”（周敦頤、張載、程顥、程頤）理學(xué)著作，出版自己的最新論著，同時(shí)由于辦學(xué)需要，也刻印一些教學(xué)用書(shū)。由于朱熹一生“在外九考，立朝四十六天”,大部分時(shí)間奉祠在家，微薄的祠祿常使他捉襟見(jiàn)肘，“簞瓢屢空，晏如也，諸生遠(yuǎn)而至者，豆飯藜羹率與共，往往貸于人以給用。”在這種情形下，也不時(shí)刻印一些書(shū)籍，賺取一點(diǎn)“文字錢(qián)”以自助。

在朱熹的身體力行下，建陽(yáng)這片土地終于迎來(lái)了文化歷史上最為璀璨多彩的時(shí)刻。早年的朱熹與蔡元定，一人在云谷，一人在西山，每有疑間，便點(diǎn)燈為號(hào)，以便次日兩人見(jiàn)面互為探究。蔡元定曾鼎力協(xié)助朱熹完善了大量理學(xué)學(xué)說(shuō)。而作為衣缽傳人的黃除，晚年告老還鄉(xiāng)后，也曾在建陽(yáng)先后創(chuàng)建了環(huán)峰書(shū)院和潭溪精舍兩所書(shū)院，并讓長(zhǎng)子黃輅和三子黃複打理書(shū)院。此外、如劉爚、熊禾、游九言、葉味道等都在建陽(yáng)傳道興學(xué)：劉爚在馬伏創(chuàng)建了云莊書(shū)院，葉味道在后山創(chuàng)建了溪山書(shū)院，熊禾在樟埠修建了熊屯鰲峰書(shū)院，游九言在長(zhǎng)坪修葺了鷹山書(shū)院。他們?cè)谕穗[之時(shí)都選擇在家鄉(xiāng)的書(shū)院講學(xué)論道，著書(shū)立說(shuō)，教化鄉(xiāng)里。

寶慶元年（1225），建陽(yáng)縣令劉克莊建祠紀(jì)念，淳祐四年（1244），宋理宗為表彰理學(xué)，御書(shū)“考亭書(shū)院”匾額，將滄洲精舍易名為考亭書(shū)院。此后，元明清三朝，朱子理學(xué)得以進(jìn)一步推崇。朱熹的《四書(shū)集注》被詔定為科場(chǎng)取士的標(biāo)準(zhǔn)，朱子也“配祀孔廟”。

考亭書(shū)院是宋代四大書(shū)院之一，雖然規(guī)模遠(yuǎn)不及白鹿洞、岳麓、睢陽(yáng)、嵩陽(yáng)書(shū)院，但以它在中國(guó)教育史上的影響而論，考亭書(shū)院足以與中國(guó)歷史上任何一座書(shū)院相提并論。

因?yàn)槟纤蝿?chuàng)立起來(lái)的良好文脈，得以綿長(zhǎng)澤及鄉(xiāng)里。自南宋以來(lái)，建陽(yáng)書(shū)院代未斷絕，直至清末的光緒年間，依然有書(shū)院建立。

自南宋之后建陽(yáng)的書(shū)院刻書(shū)，其經(jīng)費(fèi)來(lái)源主要依托當(dāng)?shù)卣鶕芙o的學(xué)田，用學(xué)田所產(chǎn)支付官帑。歷史上建陽(yáng)的書(shū)院所擁學(xué)田不等，即收入差異較大。因此，同時(shí)代各書(shū)院之間，不同時(shí)代的書(shū)院，在刻書(shū)的量上就存在較大差異。如朱熹一手所創(chuàng)辦的同文書(shū)院，它實(shí)際的功能在刻書(shū)，具有專(zhuān)事刻書(shū)的職能。

由于朱熹在理學(xué)的創(chuàng)立和宣揚(yáng)的極大成就，南宋理學(xué)得到統(tǒng)治階級(jí)肯定和褒揚(yáng)，建陽(yáng)各地朱熹及其門(mén)人弟子創(chuàng)建的書(shū)院都獲得朝廷賜匾，元、明、清各代，建陽(yáng)的各書(shū)院又進(jìn)一步得到改建擴(kuò)建，由朝廷派山長(zhǎng)管理，增置學(xué)田，“備來(lái)學(xué)廩給”和祭祀之用。書(shū)院的功能也由原來(lái)的講學(xué)論道轉(zhuǎn)為祭祀理學(xué)先賢，如考亭書(shū)院。中建集成殿，以蔡（元定）、黃（榦）、劉（爚）、真（德秀）四人配。旁為兩廡為竹林、滄洲兩精舍，前為二門(mén)，門(mén)外之右為道源堂，其左為報(bào)德祠，祀歷代之有功于祠者。前為碑亭二，又前為大門(mén)，為石坊，坊左右為“泰山喬岳”“景星慶云”二坊，店之后為獻(xiàn)靖公祠，上有樓，祀文公遠(yuǎn)祖茶院公，其最上一層曰“十賢樓”，祀濂溪（周敦頤）、明道（程顥）、伊川（程頤）、康節(jié)（邵雍）、橫渠（張載）、涑水（司馬光）、龜山（楊時(shí)）、山（游酢）、豫章（羅從彥）、延平（李侗）十先生。

獲宋理宗皇帝賜匾的書(shū)院還有：廬峰書(shū)院（即西山先生祠），在崇泰里后山，祀西山先生，以子淵、沈，孫模、杭配；宋乾道間，蔡沈構(gòu)精舍于廬峰之下，寶祐間，理宗御書(shū)“廬峰書(shū)院”四字，環(huán)峰書(shū)院（即黃勉齋先生祠），在童游妙高峰下，宋嘉熙元年，御書(shū)“環(huán)峰書(shū)院”匾額；云莊書(shū)院（即劉文簡(jiǎn)公祠），在崇泰里馬伏；溪山書(shū)院（即葉文修公祠），在崇泰里后山，宋儒葉文修公味道講學(xué)之所，原為精舍，宋理宗改建書(shū)院。