建本圖書在明末的崇禎時期就已式微，特別是在清初對漢人所采取的高壓政策下，多數書籍被列入禁書行列。盡管麻沙、書坊兩地仍然保留下部分刻坊，但無論是經營規模、從業人員的素質、對外銷售的能力、自身技藝的更新還是外部的讀書氛圍都不利于建本圖書的健康發展。

清朝，書坊的部分家族，在極為艱難的環境下固守祖業，但刻印的門類、數量與明中期相較都已不可同日而語。日常的經營通常局限于本地的家譜、族譜，寺廟佛經以及些許農事、蒙學讀物的印刷。

書坊印刷業造成如此頹廢的局勢主要原因有三：

首先，戰火所毀。以吳三桂為首的“三藩”于康熙十三年(1674)發生兵變。盤踞福建的藩王耿精忠反叛，駐軍建陽。根據地方史料的記載，當時的建陽水南在一片火海后化為瓦礫。時清中軍守備金朝弼目睹戰火焚動之后的滿目凄涼:“市中虛若谷焉，城葺若藪焉。比屋洞開，闃無人也；路道崎嶇，敗瓦積也；深夜無聞，雞犬盡也。……蓋煙銷于甲寅之烽火者，不知凡幾?！币蜻@場戰亂，建陽屬地原有的人文生態與自然生態都遭受到毀滅性的摧殘。崇化書坊的刻印業遭受重創。地方史料上記錄:時有余有腹舉家遷往建甌，余國清偕族人遷居浦城毛洋，余家齊偕四弟寓居崇安五夫……刻書作坊因之紛紛倒閉，書市為之蕭條。盡管經過漫長的恢復而有所緩和，但咸豐七年(1857)。崇化書坊再次遭太平軍石達開部兵火焚毀大量的書肆、房屋以及所存雕版化為灰燼。偌大的崇化書坊，火后僅存范、張、陳、吳四姓聚居的高墻大院和一座將軍廟，此一致命性的戰火，最終使崇化書市一蹶不振。

其次，發展所變。當江南諸地入清之后，經濟上的發達促就了文化的再度興盛。而文化的興盛也促就了金陵、蘇州、揚州、杭州等地及本省的福州、漳州、泉州的印刷業迅速邁向新的平臺?，F代活字印刷術與石印、珂羅版等印刷技術的引進使得江南的印刷快速發展，加速傳統雕版印刷業的沒落。到了乾嘉之際，漢學興起，許多名家身體力行，集編、校、刻、印、藏、研、授于一身、加上江南人口密集，借水陸交通之便，在諸多方面占得先機，執其時印刷業之牛耳。到了晚清時期，南京、上海、杭州等地已經開始進入鉛印機的印刷快車道時，存續八九百年的建陽書坊還延續著雕版印刷，部分作坊主已到金陵、武林開設堂號繼續發展;部分堂號將產業轉至滸灣、福州繼續經營;部分刻工轉而挑著活字，走街串巷印制族譜養家糊口;僅有小部分仍堅守在舊作坊里，刻印童蒙讀物、醫算歷書，聊以謀生。

再次，時勢所限。入清之后，昔日的理學名邦建陽再無鴻儒，而刻書業中也無熊大木、余象斗等扛鼎人物。而朝廷對于印刷業的鉗制，讓昔日的“圖書之府”無書可印。如:不得私印《三國演義》《水滸傳》《西游記》等具有煽動性書籍;不得刻印《西廂記》《紅樓夢》等有傷風化之書等等，而這些都是書坊刻印書籍之大宗，“四書五經”等科考用書又為武英殿、州府縣學壟斷，偏于一隅的建陽不復有原書林之氣象。特別是光緒二十七年(1901)，崇化書坊又遭一次火災，370余家房屋、店面毀于一旦。此次焚毀，連同舊存雕版、書籍均被烈火吞噬殆盡。延續近千年的建陽書坊雕版印刷業終于退出歷史舞臺。