元朝是由北方少數民族蒙古建立的政權，雖然政權更替，政治中心北移，但對已有數百年刻書歷史的“圖書之府”建陽而言，雕版印刷業并未出現太大影響，繼續保持發展勢頭，為四大刻書中心(北京、平水、杭州、建陽)之一。刻印書籍數量最多，聞名天下。元代推崇程朱理學，以朱熹的《周易本義》《四書集注》和蔡沈的《書集傳》、胡安國的《春秋傳》作為科舉考試指定經本，對閩學諸子后裔優渥有加，閩學圣地建陽書坊所刻之書無疑先勝一籌。隱居建陽的宋末學者謝枋得寫下《書林十景》組詩，其六《云衢夜月》有詩句云:

長虹跨陸登云衢，會同四海皆車書。

日斜市潰夜喧息，月來云凈天無疵。

元至正二十三年麻沙遭受戰火，大部分刻書坊被燒毀，刻書中心漸次移到崇化書坊。因此，有元一朝，“建本”多為崇化書坊刊行。《八閩通志》載:“今書籍之行四方者，皆崇化書坊所刻者。”而從謝枋得詩句中可見到一派繁榮氣象，已不見兵災浩劫之象。

元朝官府刻書極少，書院倒有刻一批書籍。如：考亭書院于元大德十年(1306)刻印王安石撰《王荊公詩》；云莊書院刻印《新編古今事文類聚》；建安書院于至正十一年(1351)刻印趙居信撰《蜀漢本末》；屏山書院于至正庚子(1360)刻印宋劉學箕撰《方是閑居士小稿》；至正二十六年崇安南山書院刻印宋陳彭年撰《廣韻》。

元代建陽私家刻書已無南宋之盛，不少家族加入坊刻隊伍。私刻僅見熊敬、董僎、劉焱、張光祖、蔣易、鄭明德等寥寥數家，所刻書籍也較少。

元代坊刻書堂、書鋪遠超宋代，所刻書籍數量占據半壁江山。崇化書坊除了宋代已經興起的余、劉、虞、陳姓等刻坊刻書外，在元代又有鄭、葉、詹、熊等姓的書堂崛起。此外，還有39家書堂從事刻書業。其中著名的有：劉君佐的翠巖精舍，先后刻印有《程朱二先生周易傳義》24卷、《國朝文類》70卷、《詩集傳附錄纂疏》20卷、《詩序附錄纂疏》1卷、《詩傳綱領附錄纂疏》1卷、《語錄輯要》1卷；余志安的勤有堂為當時全國最有名的刻坊之一，刻有《分類補注李太白詩》25卷、《集千家注分類杜工部詩》25卷、《書集傳輯錄纂注》6卷又1卷、《三輔黃圖》6卷、《四書通》26卷、《故唐律疏議》30卷、《纂例》12卷、《國朝名臣事略》15卷、《詩童子文》20卷、《書蔡氏傳旁通》6卷、《嚴氏詩緝》36卷、《新編婦人大全良方》24卷、《辨識修制藥物法度》1卷、《儀禮圖》17卷、《古烈女傳》7卷續傳1卷等。

元代的書坊由于受朝廷不重科舉的負面影響，除了傳統的經史文集刻書外，更多的是刻印醫書、類書。文人士大夫將文事興趣漸次轉向新興的文體，小說、戲曲開始進入人們的視野，書坊主敏銳地捕捉到市場信息，開始從事通俗讀物如各種民間詩歌、戲曲、話本、小說集的刻印刊行，如《大宋宣和遺事》《京本通俗小說》等。這些書主要供民間藝人說唱使用。其中最有名的是一套建安虞氏刊刻的全相講史話本，現存《新刊全相平話武王伐紂書》《新刊全相平話樂毅圖齊七國春秋后集》《新刊全相秦并六國平話》《新刊全相平話前漢書續集》《至治新刊全相平話三國志》五種。“元至治全相平話五種”是民間藝人說書的底本，歷來為文人視為俗書，而未被重視，然這些卻是現存最早的話本小說刻本，并為明代小說類圖書的繁盛打下堅實的基礎。此外建陽書坊還刊刻了一些元散曲選本，現存《朝野新聲太平樂府》《梨園按試樂府新聲》《樂府新編陽春白雪》。其中，《陽春白雪》還有初編、重編兩種刻本，頗受時人歡迎。隨著這些文化在民間的廣泛傳播，得以滋潤民間作者的心田，由此鋪墊了我國通俗文學發展的道路。在這樣的前提下，得以產生后來著名小說《三國演義》《西游記》《水滸傳》等。

其時，書坊葉日增的廣勤堂、劉君佐的翠巖精舍、劉錦文的日新堂、虞氏的務本堂、鄭氏的崇文堂等，均為當時著名書肆。